月球最高监狱，黑衣人穷凶极恶的黑衣人伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，黑衣人最新泛目录站群程序最终被年轻的黑衣人K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。黑衣人此次他逃脱的黑衣人目的，就是黑衣人穿越时空杀死K。与此同时，黑衣人J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的黑衣人最新泛目录站群程序混乱，因对鲍里斯的黑衣人案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。黑衣人　　崭新的黑衣人一天，J发现K消失不见，黑衣人周围更几乎没人知道K这个人。黑衣人此时的黑衣人K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……