或许过去，船长又或许未来，哈洛人类大规模向宇宙殖民。船长最新泛目录程系统当人口膨胀到五千亿的哈洛时候，散落在宇宙各个角落的船长人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的哈洛归乡战争。为了保护地球这片圣地，船长人类制定了盖亚制裁，哈洛约定不许任何人染指这里。船长可是哈洛最新泛目录程系统曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的船长阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的哈洛通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的船长弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的哈洛永动机的秘密。在此期间，船长哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊……　　本片根据松本零士的经典科幻漫画改编。