《红色派系：起源》的红色故事将沿用游戏的背景和人设：自Alec Mason带领火星殖民地重获自由已经过去了25年，而他的派系妻子被杀，女儿Lyra被绑架也过去了12年，起源泛目录程序2023Alec自那时起便已是红色一名破碎的英雄。他剩下的派系唯一的儿子，Jake Mason，起源现在已经成为了红派民兵(Red Faction Militia)的红色军官，当他发现12年前被绑架的派系妹妹至今还活着时，他的起源泛目录程序2023世界被颠覆了。 　 即使有新的红色敌人蜂拥至火星，但Jake依旧决定去寻找他的派系妹妹，但他发现Lyra现在却成了敌对势力的起源一员，一个冷血的红色战士，发誓要毁掉红派(Red Faction)。派系Kate Vernon将饰演The起源 Matriarch，入侵者的族长。