尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，黑客一个是帝国泛目录排名接单矩阵创造出来，周而复始的矩阵泛目录排名接单日常世界，另一个则是重启隐藏其后，真实的黑客人类世界。为了弄清楚自己所处的帝国“现实”究竟是真是假，矩阵尼奥不得不再次做出选择……