上一部结尾，黑客尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的帝国能力和使命，中弹复活后，重装泛目录程序2023变成了无所不能的上阵“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），黑客舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的帝国基地锡安，受到人们的重装热烈欢迎。　　此时，上阵“母体”决定先下手为强，黑客泛目录程序2023派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、帝国尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，重装寻找“制钥者”，上阵准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的黑客特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的帝国控制，拥有可怕的重装复制能力，阻碍尼奥他们的行动。